我们的研究

基因组写入与功能研究

开发基因组写入技术,研究复杂基因组区域的功能及其与人类疾病的联系。

基因书写技术

基因组写入介绍

DNA介导的剪切粘贴与RNA介导的复制粘贴概念图
基于典型转座机制的概念示意:DNA转移与RNA中间体介导的写入。不同系统的识别与整合方式有所差异。

基因书写技术的原理:“Gene Writing 技术的灵感来自于可移动遗传元件(mobile genetic elements,MGE),它是进化论 中最伟大的基因组‘架构师’。自从 20 世纪 50 年代 Barbara McClintock 在玉米上发现第一个可移动遗传元件开始,人们就知道它在生物学 中扮演着重要的角色。

可移动遗传元件是指一类能在基因组内移动的 DNA,包括:转座子、噬菌体 元件等。其中,转座子是主要研究对象之一。一段 DNA 序列从原位上单独复制或断裂下来,环化后插入另一位点,并对其后的基因起调控作用,此过程称为转座。这段 DNA 序列则被称为转座子或跳跃基因 。目前已经确定了大约 6000 个逆转录转座子 (基于 RNA 的基因书写)和 2000 个具有潜力的转座子(基于 DNA 的基因书写)。

我们可以将人类的基因组 看成一列 “火车”,把基因组上的 DNA 片段看成一节“车厢”。大多数“车厢” 在整列 “火车” 上的位置、顺序是不变,而转座子却是可以移动自己位置的 “车厢”,例如从 2 号“车厢” 位置移动到 8 号 “车厢” 位置。在移动位置的过程中,转座子可以通过 “剪切 - 粘贴” 或者 “复制 - 粘贴” 将原有 “车厢” 插入到新的位置,或者原有 “车厢” 不动而将复制后的 “车厢” 插入到新的位置上。转座子的两端有定义其边界的特殊 DNA 序列,介于中间的是制造蛋白质的基因,可以将其切除,“腾出”空间加入新的基因片段。

基因书写技术正是利用了转座子可以携带目的基因并插入基因组的原理,对转座子进行改造,从而实现将长段基因插入基因组的效果。

通过利用可移动遗传元件的生物学特性,基因书写技术具有以下四大潜力可克服目前遗传医学 所面临的“困境”:

  1. 与基于核酸酶 的基因编辑技术不同,基因书写技术对于宿主 DNA 修复途径的依赖很小,所以能够有效地在体细胞基因组中加入长断或小片段基因序列 。
  2. 与基于腺相关病毒 (AAV) 载体的基因治疗技术不同,新加入的 DNA 片段可永久性地存在于分裂细胞 中。
  3. 可通过递送 RNA 将新的 DNA 序列插入基因组中。
  4. 可对患者进行多次给药,重复治疗,这是目前基因疗法 还无法实现的治疗方式。
我们关注的科学问题

如何实现大尺度的哺乳动物基因组写入?

复杂基因组区域发挥什么作用?

基因组变化如何引发疾病?

01

基因组写入与工程

基因组写入技术

如果能够重写更长的基因组片段,哪些科学问题将变得可以用实验回答?

我们开发哺乳动物基因组写入与编辑技术,为构建和比较设计的基因组序列提供新方法。

基因组写入大片段 DNA 工程合成基因组学
相关研究 · Nature,2023
基因组写入序列 → 功能
概念示意图:参考基因组、设计改造区域与重写后的基因组;可点击读取、编辑、写入切换。020406080kb参考序列设计改造重写序列设计的 DNA 序列ATCG · GCTA · TAGC · CGAT · ACGT · GCTA · TAGC · CGAT
概念示意图

写入设计的序列,研究基因组如何发挥功能。

02

复杂基因组区域

复杂区域的功能与调控

调控元件周围的序列如何影响其功能?

我们研究大型调控元件与复杂基因组区域。仅研究孤立的序列,可能会忽略其所在基因组背景的影响。

调控元件基因组背景染色体组织结构
相关研究 · Molecular Cell,2024
03

疾病模型与机制

疾病模型与致病机制

哪些基因组改变驱动疾病,又是如何发挥作用的?

我们构建细胞与动物模型,研究基因组变化的生物学后果,探索有望为未来干预提供依据的机制。

细胞模型动物模型疾病机制
相关研究 · XDP 预印本

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